r. 1897 docentem a později mimořádným a řádným profesorem rakouských dějin, po převratě dějin českých. Profesuru vykonával, zastávaje při tom nejvyšší úřady akademické a přerušiv pražský pobyt jen cestami do Paříže a Italie, nepřetržitě až do smrtelného onemocnění r. 1936. Zemřel v Praze 23. ledna 1937 a byl pochován v rodném kraji v Jenišovicích. První Pekařova velká práce historická Dějiny ValdMejnského spiknutí 1630-1634 (1895) řeší složité a nepřehlednou literaturou znesnadněné problémy středoevropské politiky kriticky a samostatně se stálým zřetelem k otázkám českým; jest tu důkazem Valdštejnovy zrady s dokonalým zdarem vykonán pokus sloučiti kriticky rozbor s plastickým dějepisným vypravováním. Když se na sklonku svých dnů Pekař obrátil k přepracování svého mladistvého díla (Valdštejn 1630-1634 [1934]), pojal nově a s důrazem politickou a válečnou účast české emigrace na spiknutí protihabsburském. Potom se však Pekař obrátil k nejstarší době našich dějin, v níž Dějiny Palackého volaly neodkladně po revisi. V duchu Gollově Pekař pojímá náš celý středověký ať politický, ať hospodářský, ať společenský vývoj v rámci západoevropském, ale vmýšlí se pronikavě do zvláštních poměrů českých a studuje podrobněji dějiny hospodářské a správní. V celou knihu Nejstarší kt'onika česká (1903) vzrostly jeho kritické práce o počátcích dějepisectví v Čechách, jimiž, odmítaje vědecké omyly Dobrovského, podal rozbor starých svatováclavských legend a na správné místo zařadil Kosmovu kroniku; po prvé u nás a jako jedenz prvních v dějepisectví světovém ocenil tu význam legendy jako historického pramene. Spor o tyto zásadní otázky patří k nejdůležitějším kontroversím českého dějezpytu v nové době. Výsledky jeho Pekař shrnul německou knihou Die Wenzels- und Ludmilalegenden und die Eehtheit Christians (1906). Po více než dvaceti letech při jubileu svatováclavském se vrátil k oblíbené postavě své vědecké mladosti výmluvným essayem »Svatý Václav« (1929), kde podrobil osobité kritice a přesvědčivé rekonstrukci jak vlastní historický význam světcův, tak jeho posmrtnou úlohu v národním vývoji. Na zcela nové cesty se obrací Pekař v Knize o Kosti (1910 a 1911, 2 díly), v níž studuje politické, hospodářské i sociální dějiny monumentálního hradu českého severový 743