Jeho přísná, úzkostlivá, podrobná pracovní metoda, v mz se pedanterie stávala ctností, jeho stálý zřetel k původním pramenům, jeho chladný a průkazný objektivism, konečně vytrvalost a železná píle, v níž vyrovnal se Gebauerovi jediný snad Tomek - ostatně ve vědeckém snažení a pojetí spíše Gebauerův protichůdce, - byly vždy jistou zárukou, že ani syntetism vědeckých plánů, ani stálá tendence srovnávací nepovedou k ukvapeným závěrům a ne doloženým domněnkám. Před mluvnickým rozborem staré češtiny předcházela přesná kritická vydání staročeských tekstů; velkému celkovému dílu předeslal Gebauer četné zvláštní monografie; pro každý gramatický zjev snesl předem spoustu starých příkladů; historický slovník zbudován byl z nesčetných dokladů. Vždy pracoval Gebauer induk_ tivně: šel věrně za přesně hledanými a přesně stanovenými speciálními poznatky a vyvozoval z nich trpělivě svoje teorie, které nejednou popřely původní východisko naukové. S neoblomnou láskou k poznané pravdě vyznal Gebauer vždy otevřeně a jasně, že pro lepší poznání vzdal se poznání staršího, snad pohodlnějšího. Jan Gebauer šel takto kamenitými a pustými cestami filologie v Čechách v mlčení a samotě, šel klidně, statečně a bezpečně. Kdosi kráčel však vždy za tímto osamělým chodcem; byl to přísný Seraf kriticismu s plamenným mečem. Celá inspirace životního díla Gebauerova byla v jádře kritická - právě proto dovedl seskupiti kolem sebe tolik mladých vědeckých pracovníků, právě proto vyšlo z řad jeho žáků moderní, vědecky kritické hnutí, jež podrobilo základy českého ·duševního života revisi a soudu. Od nižší kritiky tekstové a mluvnické, kterou prováděl ve svých příkladně pečlivých a příkladně poučných vydáních a článcích, Gebauer dospěl v příčinné zákonnosti ke kritice vyšší, které podrobil především naše velké padělky 96 rukopisné. Klidně, jako přednášel svoje poznatky z kmenosloví