23 přednáškou slučující stanovisko filosofické spekulace a přírodovědecké empirie, charakteristickou »Extensí individua«; v »Klubu přírodovědeckém « pracoval v botanické sekci, která v těchto letech se probudila a obrodila, vytrvale referuje o nových spisech z rostlinné fysiologie, předkládaje nově nalezené rostliny a upozorňuje kollegy zejména na nejnižší a tím nejzajímavějsí třídy rostlinné, i v hlavních přednáškách klubovních volíval themata z fysiologie a botanické chemie. V těchto vnějších hranicích položených studiem a povoláním pohyboval se nesmírně intensivní život vnitřní skrytý, za štítem melancholického mlčení a uzavřené vážnosti. Skromnost a plachost, s níž vystupoval tento tichý hoch hlubokého pohledu, dávaly sice tušiti, že skrývá cudně před lhostejným světem duševní bohatství a myšlénkovou krásu, nikoliv však, že veškerým svým názorem přírodně-filosofickým odvážně a hrdinsky reaguje proti svélllU myšlénkovému okolí a přírodovědecké víře i přesvědčení svých učitelů. Přírodovědecký mechanism a materialism, opírající se o exaktní poznatky věd přírodních a čerpající hlavně z chemie vždy novou zápalnou látku pro sebevědomá svá tvrzení, snažil se s katheder a v laboratořích shrnouti všecky jevy v jednotu a vysvětliti procesživotní. Hmota produkující energii byla jevem primerním a pravou substancí světa, který byl pokládán za její odvození; veškerá snaha se nesla k přesnému a exaktnímu vysvětlení všech jevů z této pralátky a k bezvadné redukci všech processů na tuto prasubstanci. Tvrdili-li jedni s pařížským akademikem Berthclotem, největším chemikem svého věku, odvážně a sebevědomě: »Není žádného tajemství více,« odpovídali druzí na námitky filosofů, že jest ještě mnoho tajemství materialismem a mechanismem ne vysvětlených, všeobecným popřením možnosti filosofického poznání, jak je formuloval v příkrém »Ignoramus et ignorabimus« akademik berlínský du Bois Reymond. Důvěra v čistě materialistické vyložení světa byla v devadesátých letech zviklána, ale tím zřetelněji se jevil sklon k umdlenému agnosticismu du Bois Reymonda, který 'zastavil se na polovině cesty, a svou polovičatostí znovu otevřel brány vědeckému dualismu vítanému i dogmatikům i modlářům mrtvého faktu. Du Bois Reymond byl pravý přírodovědecký filosof doby, jejíž umění dalo Andréu Sixtovi modliti se nad mrtvolou Roberta .Grcslou a Gramovi jíti ke knězi, jejíž spekulace z úzkosti před sebou samou vracela se zpět ku Kantovi. Du Bois Reymondovým agnosticismem a dualismem byl Theodor Novák mocně, ale jen okamžitě bolestně vzrušen, a záhy v něm viděl nejnebezpečnější zbraň dávanou vědecké intelligenci. Když r. 1900 byl žádán, aby přeložil jeho přednášky »0 hranicích přírodovědeckého poznání« a »Sedm záhad světa«, chtěl původně obě stati zčeštiti, ale úvodem ostří jejich zlomiti; brzy však se rozhodl, že nebude do českého skla nalévati krutého jedu, jak sám řekl.